El Consejo actúa de manera simple y rápida. Tras la denuncia y la vista de expedientes, se cita a ambas partes para una inspección ocular del sitio por parte de los miembros del Consejo. La inspección ocular posibilita en la mayoría de los casos, una nueva cita entre las partes para intentar resolver la disputa mediante un acuerdo de conciliación. Si la conciliación no prospera, se pone en marcha la citación para el juicio, celebrados el primer jueves de cada mes en el salón de plenos del Exmo. Ayuntamiento de Murcia. Tras la sentencia, proclamada en el mismo juicio a viva voz, se le otorga a la parte condenada, un plazo de cumplimiento voluntario de un mes; en caso de incumplimiento, se puede ejecutar la sentencia a su costa, utilizando si es preciso el apoyo de los cuerpos y fuerzas de seguridad del estado. Cabe destacar igualmente, que no cabe recurso ordinario frente a la sentencia dictada, solo se puede interponer en el plazo de 20 días, recurso de amparo ante el Tribunal Constitucional, habida cuenta del carácter consuetudinario del Consejo de Hombres Buenos.
En resumen, las fases de funcionamiento del Consejo son: